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"...La quinta chiesa fuor della terra, et è sotto l'invocazione della Madonna delle Grazie con un poco convento tenuto da frati del terzo ordine di S. Francesco..."

Questo è il testo del 1569, conservato presso la Curia Vescovile di Albano, riportato da Mons. Alberto Galieti, dove viene menzionata per la prima volta la Madonna delle grazie: "chiesetta dalle pareti esterne in pietra scalpellata, si trova a circa 300 m. a sud del paese. Allo stato attuale si presenta come opera prevalentemente in stile dorico del XVI sec. Nei rendiconti consiliari del 1653... si leggeva, come in forza della bolla di Innocenzo X... con cui venivano soppressi i conventi, ove i religiosi non potevano vivere con le rendite del luogo, dovettero abbandonare l'annesso convento i frati del terzo ordine... il quadro della vergine, dipinto su lastra di lavagna nel sec. XVIII. Naturalmente nel restauro vennero utilizzate alcune parti certamente del sec. XIV e XV come il frontespizio della porta la grande bifora ad ogiva sulla parete di lato... Riferibili ad una costruzione esistente sullo stesso luogo... nel muro interno della sacrestia, si vede ancora una cornice di laterizi prettamente romanica... del XII sec., sono evidenti nella chiesa tracce di due epoche... con la soppressione del convento... la chiesa restò del tutto abbandonata... nel 1680... venisse di nuovo benedetta... nel 1780 era servita ancora da due porte non essendo stata murata quella laterale, la più antica... più tardi a causa di un incendio sviluppato da un fulmine caduto nel settembre 1826, la chiesa restò ancora abbandonata sino al 1884... riaperta al culto. Nuovi danni patì nella guerra del 1944..." (Mons. A. Galieti)

Un'altra descrizione, fatta da un eremita nel 1765, citata da C. Lampe, e conservata presso l'Archivio di Stato di Roma "in distanza di un quarto di miglio della terra di Civita Lavinia... nella quale si venerava la miracolosa immagine della BB Vergine detta perciò delle Grazie ritrovata fra alcuni dirupi di quella vicinanza, con tal frequenza di quel popolo e dei popoli confinanti che sino la città di Velletri, lontana circa sei miglia v'andava ogn'anno processionalmente nella 3^a festa di pentecoste a sciogliere i suoi voti...".
Se ciò fosse vero, e che quindi anche gli abitanti di Velletri anticamente venissero in processione a Lanuvio (ciò non è molto improbabile, anche perché Lanuvio era stato già meta di pellegrinaggio durante l'età romana, per la presenza del famoso tempio dedicato alla Giunone Lanuvina e gli stessi consoli prima di partire per le campagne militari sembra venissero qui a propiziarsi l'aiuto della dea; inoltre sino agli inizi del '600 Velletri non aveva ancora il santuario della Madonna delle Grazie presso la Cattedrale di San Clemente), probabilmente questo risalirebbe a non oltre, come sostiene lo stesso C. Lampe, la prima metà del '50; infatti da quel momento le due città fecero le processioni separate.

Il 17 maggio 1829 con Decreto Cardinalizio  viene eretta la Confraternita Maria SS delle Grazie.

Le notazioni storiche sul santuario iniziano dal 1569 quando si parla di ampliamenti e restauri.
Così racconta la nota di chiese dell'archivio della diocesi di Albano: "Sono evidenti nella chiesa le tracce di due epoche. Alla prima appartiene la porzione della chiesa che trovasi avanti l'arco a rosoni, alla seconda la parte aggiunta nel 1523 che presenta una minore larghezza nell'interno e una tecnica più frettolosa che nell'avancorpo esterno, il quale non mostra più i parallelepipedi di peperino bensì a muro fratazzato e termina dalla parte dell'orto con paraste sormontate da capitelli ionici, mentre il restante della chiesa come si è accennato, è in stile dorico."
Nel restauro, annota il nostro storico mons. A. Galieti, vennero utilizzate alcune parti certamente dei secoli XIV e XV come il frontespizio della porta, la grande bifora ad ogiva sulla parete di lato riferibili ad una costruzione esistente sullo stesso luogo.
Nel muro interno della sacrestia ancora si vede una cornice di laterizi prettamente romanica costituita da una fila di mattoni a dente di sega cui sovrastano modiglioni di marmo sorreggenti un'altra fila di laterizi pure disposti a punta dei secoli XI° e XII°. In quei secoli il grande e famoso "Lanuvium" stava scomparendo.
La chiusura del tempio di Giunone Sospita e le continue razzie dei predoni del mare avevano determinato lo spopolamento della zona.
I monaci benedettini, mettendo in pratica il loro motto "ora et labora" ne favorirono lo sviluppo e, con l'incremento dato all'agricoltura, riuscirono a crearvi in poco tempo uno dei più cospicui centri economici della campagna romana. Costruirono una chiesetta a S. Lorenzo, che venne innalzata nei pressi del tempio di Giunone Sospita utilizzando a tal fine un ninfeo romano che certamente aveva dovuto far parte del santuario classico.
Ma si fermarono solamente sul colle di S. Lorenzo? O forse abitarono anche presso il santuario della Madonna delle Grazie?

Una leggenda locale narra del ritrovamento della Sacra Immagine, venerata nel Santuario, in un dirupo e che anticamente la nostra Madonna delle Grazie veniva venerata anche dai velletrani che in pellegrinaggio venivano presso il santuario.
Dal 1826 la chiesa resta chiusa fino al 1884 quando tutto il popolo decise che per tutti gli anni, nel secondo sabato di maggio la venerata immagine fosse portata solennemente in processione fino alla chiesa collegiata in mezzo al suo popolo. Sempre i lanuvini rinnovarono questo atto di Amore, anche nel 1944 quando a causa della guerra non fu possibile nel mese di maggio. Passò solamente qualche mese. Fu infatti il 15 agosto che i lanuvini portarono l'Immagine Santa attraverso le strade lanuvine ancora piene di macerie fumanti per chiedere coraggio a riprendere una nuova vita. Ogni anno non c'è lanuvino che a maggio non porti un fiore davanti la sacra immagine della Madonna delle Grazie per chiedere una Grazia.